维持DNA双螺旋结构稳定性的主要因素包括两条DNA链之间碱基配对形成的氢键和碱基堆积力。DNA分子的稳定性主要由三种化学键维持:互补碱基之间的氢键、碱基之间的碱基堆集力、磷酸残基上的负电荷可与介质中的阳离子之间形成离子键。